现行的新型农村合作医疗的报销期限为一年，次年即作废，因此必须在次年1月底前结清，超过规定期限的，医保部门是不予报销的。对于异地结算的新农合，一般需要在3个月内结算清楚，如遇特殊情况，经乡、镇部门证明后可延至次年2月底结清，逾期不再办理报销手续，因此，无论什么情况，尽早报销都是比较好的。

《关于加快推进新型农村合作医疗试点工作的通知》各地要认真总结试点单位的好做法，积极进行农民个人缴费方式的探索，充分发挥基层组织的作用，建立稳定的筹资机制。如果农民个人自愿，经村民代表大会讨论同意，可以由村民自治组织代为收缴农民的个人缴费。要加强基金管理，做到专户储存，专款专用，严格实行基金封闭运行，确保合作医疗基金和利息全部用于参合农民的医疗补助。