等位基因是一些占据染色体的基因座的可以复制的脱氧核糖核酸。等位基因大部分时候是脱氧核糖核酸序列，有的时候也被用来形容非基因序列。

若成对的等位基因中两个成员完全相同，则该个体对此性状来说成为纯合子。若两个等位基因各不相同，则该个体对该性状来说是杂合子。在杂合子配对中，显性等位基因使隐性等位基因的性状得不到表现。