其实使徒行者第2部是第1部的前传。第2部讲述的是一个**被害之后牵扯出来的拯救卧底和寻找警局幕后黑手的征程。这两部戏其实是倒叙的关系，它讲述的是卓凯和他潜伏在泰国毒枭的手下一起剿灭毒枭的行动。

2010年10月卓凯前往了泰国之后和他手下的卧底**碰头，当行动结束众人要离开泰国时，一场爆炸让所有的卧底永远的留在了泰国，而卓凯因为接了一个电话与卧底没有在一起，所以他侥幸逃过了一劫，这也是他人生中一个最大的污点和心理阴影。

不仅连他自己怀疑自己甚至他的上司对他也很怀疑，在他返回香港之后警局就对他进行了调查也吊销了他的职位。卓凯的好朋友也因为不明原因被害，他的好朋友黎瑞权被害之后手下只剩下了一个女警郑淑梅，但是郑淑梅还没有成为一个合格的卧底，而且黎瑞权手底下的卧底资料都被删除了，想要找出黎瑞权受害的真相就要将这些卧底都找出来，这也是摆在卓sir等人面前最大的难题。

他和郑淑梅两个人就开始了全面的寻找卧底的行动，当寻找卧底的过程中又与长兴坐馆魏德信产生了交集，之后牵出了警局最大黑警和黑恶势力联手牟取暴利的幕后真相。