蛋白聚糖是被大量糖基化了的糖蛋白。基本的蛋白聚糖单位由一个核心蛋白质与一个或多个共价结合着的糖胺聚糖链所组成。附着点是一个丝氨酸残基,糖胺聚糖通过四糖桥被连接到其上。例如：硫酸软骨素-葡萄糖酸-半乳糖-半乳糖-木糖-蛋白质通常这个Ser残基处于片段-Ser-Gly-X-Gly-中,其中X可以是任何残基。