关于元谋人化石的地质时代和绝对年代，学术界存在不同看法。

一种观点认为属早更新世早期，在距今170万年左右。中国地质科学院地质力学研究所用古地磁方法测定距今170万±10万年。电子自旋共振法测定为距今160~110万年。根据与元谋人伴生的哺乳动物的研究和与北京人牙齿的比较，似乎更为原始。

另一种意见认为，在中更新世。因为古地磁年代不应超过73万年，根据元谋人的化石层，可能距今60万～50万年或更晚。

经过对所发现的石器的研究，表明元谋人所处时期为旧石器时代早期。

如果将元谋人的年代定位为170万年前，那么元谋人就是目前已知的中国境内最早的古人类。由于这是最初的对元谋人的年代定位，一些教材、通俗读物和百科全书都持此说。如果将元谋人的年代定位为60万年左右，那么元谋人的年代将晚于公王岭蓝田人。