1、内容不同：《正统道藏》根据北京白云观所藏明代正统年间刻印的《正统道藏》，和万历年间刻印的《万历续道藏》为底本出版，共收入道书1476种，合5485卷。《中华道藏》以《正统道藏》《万历续道藏》为底本，共收入道书1526种，合5500多卷，约6000余万字。

2、编目分类不同：《正统道藏》是依三洞四辅七部对道经进行分类的，但这个分类体系有一个重大缺陷，即只适合唐代以前的道经。明《正统道藏》延用三洞四辅作为类目。《中华道藏》在道经分类方面，重新分类编为三洞真经、四辅真经、道教论集、道法众术、道教科仪、仙传道史、目录索引七大类。