纳木错地处夏季风影响边缘区，冬半年盛行西风，而纳木错东侧区域位于西风的下风向，湖面没有结冰时，西风带来纳木错湖面的水汽，吹向纳木错东岸，再加上纳木错东侧区域的地形较高，从而容易形成地形雨，在10~11月期间，降水充足。

河流从南部山区流出，在遇到地形阻挡后分流，但两条河流凹岸处均受到侵蚀，随着时间推移，两条河流凹岸处距离不断侵蚀而接近，直到两河切穿分水岭，河流连通。在全球变暖的影响下，注入两湖内的冰雪融水和降水逐渐增加，从而导致湖面上涨，当湖面的上涨超过两湖之间分水岭的海拔时，两湖将连通。