二者概念不同。

自交是指基因型相同的个体交配，大多数植物没有性别分化，为雌雄同株单性花或两性花植物，如水稻、小麦等两性花植物，其自花授粉的过程就称为自交而玉米、黄瓜等单性花植物，自交是指同株异花授粉，所以自交的概念用于植物时，含义是自花授粉或雌雄同株的异花授粉，动物大多数为雌雄异体，虽有像蚯蚓等雌雄同体的低等动物，但为防止物种衰退现象，它们也通常进行异体受精，因此在动物种群中，自交的含义是指基因型相同的雌雄异体交配。

自由交配指在一群体中，不同的个体之间都有交配机会且机会均等，即有基因型相同的个体交配，也有基因型不同的个体交配，强调随机性，而在间行种植的玉米种群中，自由交配包括自交和杂交方式，对水稻和小麦等主要进行自花授粉的植物来说，自然状态下自由交配的概念不适用，而主要是自交，在人为条件下可以进行自由交配，在动物种群中，自由交配指基因型相同或不同的雌雄异体交配。