日土海拔高度平均为4500米，最高6800米。日土县地貌类型属高原湖盆区，喀喇昆仑崇山峻岭和岗底斯山支脉横穿全境，由于气候干旱，流水作用弱，高原面保存完整，总的地势是南北高，中间低。

日土县土壤属山地灌丛草原土壤区，主要分布在海拔4000米左右的灌丛草原上，4200—4700米高山草原土比重增大，土壤的发育有落叶灌丛和草本植物参与，A层的灰棕色腐殖质层较显著，厚度较大。但由于冷季长及干旱，微生物活动少，土体中粘粒少，下移不明显，演积B层发育不完全。