国家专项计划的弊端是选择余地比较小，并且毕业之后按协议执行，一般是回生源地工作，待遇上不比大城市，学生会有心理上的落差。专项计划是人们为完成某种特定的任务而制定的行为规划。

专项计划和普通计划有所不同，具有较强的目的性、专业性和针对性，常由专业人士来完成，常常是业务主管，行政工作人员或者是科研学者主持制定。